Для того, чтобы отслеживать ссылки с якорем в Google Analytics необходимо добавить параметры для отслеживания:

Традиционный код:

var pageTracker = _gat._getTracker("UA-XXXXX-X");
pageTracker._trackPageview(location.pathname + location.search + location.hash);

Асинхронный код:

_gaq.push(['_setAccount', 'UA-XXXXX-X']);
_gaq.push(['_trackPageview', location.pathname + location.search + location.hash]);