Для того, чтобы защитить директорию стандартной Basic авторизацией в конфигурацию виртуального сервера необходимо добавить блок location:

location /path/ {
	auth_basic "Unauthorized";
	auth_basic_user_file /path/to/.htpasswd;
}

Так как nginx отдаёт файлы, начинающиеся на точку (например .htaccess) необходимо закрыть доступ к таким файлам:

location ~ /\. {
	deny all;
	access_log off;
	log_not_found off;
}

Для генерации пароля можно использовать htpasswd:

$htpasswd -nd %username%

где %username% имя пользователя

Если не установлен apache можно воспользоваться php:

php -r 'echo crypt("password", "salt");'

где password — пароль, а salt — двухсимвольная (набор символов ./0-9A-Za-z) соль.